Clannad narra la historia de Okazaki Tomoya, un melancólico estudiante de tercer año de secundaria. Al morir su madre cuando él era joven, queda en custodia de Naoyuki, su padre, quien al verse afectado por esta trágica pérdida acaba hundido en el juego y el alcohol. Las relaciones padre-hijo se complican hasta el punto en que Tomoya decide frecuentar su casa lo menos posible, desarrollando una personalidad cerrada e indiferente, llena de conflictos interiores y deseos de superación.
Su vida da un giro cuando una mañana de camino a la escuela conoce a Furukawa Nagisa, una enigmática muchacha con cualidades algo fuera de lo corriente y que cambiará su manera de ver el mundo. Desde ese momento comienza una amistad entre ambos. A lo largo de la historia aparecen nuevos compañeros, nuevas situaciones, nuevos desafíos, momentos tristes y alegres, y juntos viven experiencias extrañas e insólitas que les hace entender la fortaleza y fragilidad de la vida.
